← ArabidopsisBindningslabNaturkunskap · nivå 2

Molekylbibliotek

Vad visar modellerna?

Rulla över 3D-vyn för att zooma. Ctrl+Z ångrar och Ctrl+Skift+Z gör om. I jämförelsen väljer du Flytta, Vrid eller Dra i atom och drar sedan på den molekyl du vill ändra.

Utgångsformerna kommer från PubChem och RCSB PDB. Rörelse visar små interna vibrationer, böjning, sträckning och vridning. Dra i atom deformerar strukturen. Lokala återställande krafter, dämpning och motstånd mot närkontakt låter den återhämta sig. Ringarnas geometri och stereocentrum bevaras. Det är en långsam pedagogisk modell, inte ett validerat kraftfält. Rotera ändrar visningsvinkeln. I jämförelseläget roterar varje molekyl kring sitt eget centrum.

Kulor och bindningar gör det lätt att följa vilka atomer som sitter ihop. Rymdfyllande modell använder ungefärliga van der Waals-radier och visar hur mycket plats atomerna tar. Kulornas ytor är modeller, inte hårda gränser. Dolda väten finns fortfarande kvar i molekylen.

Atomfärger: C kol är mörkgrått, H väte vitt, O syre rött, N kväve blått, S svavel gult, F fluor ljusgrönt och Cl klor grönt.

Aromatiska ringar visas med en förenklad växling mellan enkel- och dubbelbindningar. Elektronerna är delokaliserade. Många ämnen kan förekomma i olika laddningstillstånd; läs noteringen vid varje molekyl.